Batman Begins kể lại nguồn gốc của Bruce Wayne, người sau này trở thành Batman – Người Dơi, một trong những siêu anh hùng nổi tiếng nhất của DC.
Từ nhỏ, Bruce Wayne đã bị ám ảnh bởi nỗi sợ hãi sau một tai nạn khiến anh rơi xuống hang đầy dơi. Bi kịch lớn hơn xảy ra khi cha mẹ anh bị sát hại ngay trước mắt. Mang trong mình nỗi đau và khát khao công lý, Bruce trưởng thành với quyết tâm tìm cách chống lại tội ác đang hoành hành tại thành phố Gotham.
Sau nhiều năm lang bạt khắp thế giới để tìm hiểu tâm lý tội phạm và rèn luyện bản thân, Bruce gặp Henri Ducard, người dẫn dắt anh đến với Liên minh Bóng tối do Ra’s al Ghul đứng đầu. Tại đây, Bruce học cách chiến đấu, kiểm soát nỗi sợ và biến nó thành vũ khí. Tuy nhiên, anh không chấp nhận tư tưởng dùng bạo lực để thanh trừng Gotham của tổ chức này.
Trở về quê nhà, Bruce quyết định sử dụng khối tài sản khổng lồ của gia đình cùng những công nghệ do Lucius Fox phát triển để tạo nên một danh tính bí mật: Batman. Với sự hỗ trợ của quản gia Alfred và trung sĩ cảnh sát James Gordon, anh bắt đầu cuộc chiến chống lại thế giới ngầm của Gotham.
Nhưng khi một âm mưu nguy hiểm đe dọa toàn bộ thành phố dần lộ diện, Batman phải đối mặt với những kẻ thù có khả năng khai thác chính nỗi sợ hãi của con người.
